En su época, Hipatia era considerada un "peligro" por algunos sectores porque era una mujer independiente, científica y pagana en una ciudad que se estaba volviendo fanática. Su casa era básicamente el "Google" de Alejandría: si alguien quería saber algo sobre el universo o las leyes de la física, iba a verla a ella.
Muchos hombres poderosos querían casarse con ella por su belleza e inteligencia. Se dice que uno de sus alumnos se enamoró perdidamente y se lo confesó. Hipatia, para demostrarle que el amor físico era una distracción de la belleza de la mente, le mostró unos paños manchados de su propia sangre (por su ciclo menstrual) y le dijo: "De esto es de lo que estás enamorado, no de la belleza real". El chico se quedó tan impactado que nunca más la molestó.
Hipatia quedó atrapada en una pelea política entre el prefecto de la ciudad y el obispo. Una turba de fanáticos, envidiosos de su influencia y poder, la atacó mientras iba en su carruaje. La arrastraron hasta una iglesia, la mataron y quemaron sus restos. Su muerte marcó el fin de la era dorada de la ciencia en Alejandría y el comienzo de una época mucho más oscura para el conocimiento.
A pesar de que intentaron borrar su historia, no pudieron. Hoy en día, uno de los cráteres más importantes de la Luna lleva el nombre de Hipatia, y también un asteroide. Es un recordatorio de que su luz sigue brillando desde el espacio.